No desenvolvimento do sistema de negociação da Bolsa Brasileira de Mercadorias, foram levados em conta fatores estruturais, dos quais se destacam os mais importantes:

- a necessidade de organizar o mercado físico, de forma a atrair compradores e vendedores interessados em preços transparentes para seus produtos;

- a necessidade de viabilizar o mercado secundário de títulos por meio do endosso eletrônico desses papéis, com vistas em dar liquidez a esse mercado;

- a necessidade para o governo registrar e lançar seus instrumentos de política agrícola, e para os produtores rurais e cooperativas registrarem os títulos representativos de suas mercadorias depositadas em armazéns certificados;

Com base nessas premissas, foi desenvolvido projeto ambicioso e inovador, de linguagem amigável, para ser operado de qualquer ponto do País ou do Exterior, via internet.

- Sistema de Registro de Custódia de Títulos do Agronegócios (SRCA);

- Sistema de Negociação, que interliga todas as Centrais Reginais de Operações, operado com eclusividade pelas corretoras da Bolsa Brasileira de Mercadorias;

- Sistema de Liquidação, por intermédio de banco liquidante coordenado pela Clearing de Derivativos BM&F.

Quanto ao Sistema de Negociação, este permite aos operadores com acesso autorizado negociar produtos e ativos nos mercados da Bolsa Brasileira de Mercadorias dos escritórios de suas corretoras. Estas recebem ordens de negociação de seus clientes diretamente via internet. o Sistema de Negociação possibilita o lançamento e o registro de ofertas, a consulta à lista de ofertas válidas e aos negócios realizados, a solicitação de cotações ao mercado para um ativo/mercadoria a ser oferecido à negociação, e a troca de mensagens entre os operadores.

Cada CRO tem sua própria sala de negociações, que é utilizada pelas corretoras interessadas em participar do leilão eletrônico do Banco do Brasil e dos leilões da CONAB, igualmente servindo como sala de contingência para as Corretoras.